El Museu d'Història de la Medicina de Catalunya fou creat a Barcelona el 1979 i inaugurat, de manera oficial, el 1981, a la seu del passatge Mercader, 11 de Barcelona, on ha romàs al llarg de gairebé tres dècades.

El Museu ha estat obert al públic fins l’any 1995 i des d’aleshores fins l’actualitat, si bé ha tancat les portes al públic, no s’ha deixat de treballar en tasques de caràcter intern, com ara l’estudi, catalogació i conservació del fons, i de caràcter extern, mitjançant activitats diverses com ara col·laboracions, consultes, investigació i organització d’exposicions permanents i itinerants.

El conjunt patrimonial del Museu s’estructura a partir de quatre conjunts materials constituïts per més de 10.000 objectes: la col·lecció d’instruments i objectes científics, l’arxiu històric de la professió, la col·lecció de fotografies històriques i la biblioteca històrico-mèdica. Aquests fons s'han ampliat constantment al llarg d’aquests anys, de manera que l'edifici del passatge Mercader va resultar insuficient per al seu allotjament en condicions.

El tancament de les portes del MHMC va portar, des del 2000, a concebre noves formes d’adquisició de visibilitat. S’inicià, aleshores, l’estratègia que vam anomenar “el museu politòpic”. És a dir, un museu que té lloc a diversos espais físics i que s’allunya de la idea de museu tradicional que concentra en una única seu tots els serveis.  Una d’aquestes accions ha estat el desenvolupament del món virtual.  Una altra ha estat el trasllat de la seu a Terrassa. D’un costat, un acord amb el MNACTEC ens va per permetre allotjar, en perfecte estat de conservació preventiva, la col·lecció d’instruments als seus magatzems, ubicats al Vapor Aymerich, Amat i Jover de Terrassa. D’altre, una nova ubicació del MHMC a un pis situat al passeig del comte d’Egara, 22, 1-2 de Terrassa, on hem centralitzat totes les activitats de caràcter administratiu i on conservem i utilitzem la resta de col·leccions. Tot, sempre, a l’abast dels investigadors o dels interessats. El Museu també té una seu a Barcelona, al Col·legi de Metges –el principal patró del Museu- on fa una exposició anual i col·labora en diversos projectes culturals. A finals del 2013, el MHMC tindrà també una seu parcial al Museu d’Història de Sant Feliu de Guíxols, mitjançant l’exposició “Curar-se en salut”, dissenyada per l’arquitecte Dani Freixes, que pretén ser la llavor d’una futura seu del MHMC a l’antic hospital d’aquesta vila. Una altra opció espacial que persegueix des de fa anys el MHMC és l’obtenció de visibilitat a un dels pavellons restaurats de l'hospital de la Santa Creu i Sant Pau.