La biblioteca històrico-mèdica del Museu està formada a partir de les donacions i les adquisicions portades a terme per la institució i constitueix un fons de més de 3.000 volums d'uns 3.000 volums. Es tracta d'obres relacionades amb la pràctica de la medicina, la història de la medicina, la museologia científica, i també d'un important nombre de revistes mèdiques i científiques, catalanes i internacionals.

La biblioteca és una de les eines de suport i complement bàsiques de la col·lecció d'instruments científics del Museu. El llibre i la revista, com a mitjans de comunicació, i sovint, de divulgació científica, esdevenen la clau professional, al costat dels instruments, per al desenvolupament de l'exercici de la medicina.

El fons compta amb obres històriques, procedents dels segles XVII, XVIII, XIX i XX. La preservació d'aquest patrimoni constitueix un material de gran valor tant per a la investigació en història de la medicina com per a la documentació dels instruments científics del Museu. El fons bibliogràfic del Museu també és utilitzat com a recurs museístic per a exposicions i col·laboracions. Aquest material es completa amb una rica col·lecció de catàlegs d'instruments científics de finals del segle XIX i del segle XX. Un conjunt de recursos bibliogràfics disponible i a l'abast dels investigadors.

La part més antiga del fons bibliogràfic, entre els segles XVII i XIX, està formada per un total de 638 títols, disponibles a través del Catàleg Col·lectiu de les Universitats Catalanes (CCUC) (http://ccuc-classic.cbuc.cat/) des del 2009. Aquesta catalogació va comptar amb una subvenció de la Generalitat de Catalunya per ampliar el Catàleg del Patrimoni Bibliogràfic de Catalunya que gestiona la Biblioteca de Catalunya.

La hemeroteca del Museu conté un total de 193 capçaleres. Aquestes revistes estan catalogades i són consultables, amb algunes imatges de les portades, a través d'Internet al web www.premsamedica.cat. Aquest web fa una tasca de recuperació de revistes mèdiques i sanitàries, disperses a diferents universitats i fundacions, les quals s'han agrupat i digitalitzat per posar-les a l'abast dels estudiosos i públic en general.